北京農(nóng)業(yè)職業(yè)學院設有園藝系、畜牧獸醫(yī)系、食品與生物工程系、水利與建筑工程系、現(xiàn)代服務管理系、信息技術系、經(jīng)濟管理系、會計金融系等部門，以下是具體名單，以供參考，可調整的，以學校最新公告為準。

一、學院

園藝系

畜牧獸醫(yī)系

食品與生物工程系

水利與建筑工程系

現(xiàn)代服務管理系

信息技術系

經(jīng)濟管理系

會計與金融系

北苑校區(qū)

清河校區(qū)

二、北京農(nóng)業(yè)職業(yè)學院簡介

北京農(nóng)業(yè)職業(yè)學院經(jīng)北京市人民政府批準、經(jīng)教育部注冊的全日制公辦高等教育機構，是國家示范性高等職業(yè)院校，現(xiàn)代學徒制試點單位，全國文明單位、北京市職業(yè)教育先進單位。

學院的前身可以追溯到1958年創(chuàng)辦的北京農(nóng)業(yè)學校；2001年6月，北京農(nóng)業(yè)學校與北京農(nóng)業(yè)管理干部學院合并組建北京農(nóng)業(yè)職業(yè)學院；2008年7月，被確定為第三批國家示范性高職院校建設單位。